Добрый день!
Цитата: 26.03.2018г. был подписан акт выполненных работ, 29.03.2018 от клиента поступила оплата
как видим, ваш контрагент своими действиями признал договор и соответственно, даже если исходить из того, что договор был подписан неуполномоченным лицом прям вот 5 числа, то в дальнейшем юрлицо эту сделку одобрило
Цитата: Статья 183. Заключение сделки неуполномоченным лицом1. При отсутствии полномочий действовать от имени другого лица или при превышении таких полномочий сделка считается заключенной от имени и в интересах совершившего ее лица, если только другое лицо (представляемый) впоследствии не одобрит данную сделку.<>2. Последующее одобрение сделки представляемым создает, изменяет и прекращает для него гражданские права и обязанности по данной сделкес момента ее совершения.
Тут, кстати, и ответ на второй ваш вопрос
Цитата: как будет в моем случае определяться фактическая дата вступления Приложения в силу?
с момента совершения сделки. Этим моментом признается момент акцепта - ст. 433 ГК РФ. Т.е. если можно отследить и документально подтвердить, что 5 числа вы составили текст договора и подписали его со своей стороны, а дальше направили его (т.е. выставили оферту - ст. 435 ГК РФ) на подписание другой стороне, а другая сторона подписала его (т.е. акцептовала - ст. 438 ГК РФ) только 14 числа, то датой совершения будет 14 число. Если же у сторон нет доказательств, что акцепт совершен 14 числа, то будет считаться, что он совершена 5, как и указано в тексте договора, т.к. по правилам ст. 438 ГК РФ акцепт должны быть полным и безоговорочным, а в вашей оферте стоит дата, которая признается моментом совершения сделки.
И возвращаясь к одобрению
Цитата: 5. При разрешении споров, связанных с применением пункта 2 статьи 183 ГК РФ, судам следует принимать во внимание, чтопод прямым последующим одобрением сделки представляемым, в частности, могут пониматьсяписьменное или устное одобрение, независимо от того, адресовано ли оно непосредственно контрагенту по сделке; признание представляемым претензии контрагента;конкретные действия представляемого, если они свидетельствуют об одобрении сделки (например, полная или частичная оплата товаров, работ, услуг, их приемка для использования, полная или частичная уплата процентов по основному долгу, равно как и уплата неустойки и других сумм в связи с нарушением обязательства; реализация других прав и обязанностей по сделке); заключение другой сделки, которая обеспечивает первую или заключена во исполнение либо во изменение первой; просьба об отсрочке или рассрочке исполнения; акцепт инкассового поручения.
Так что с признанием сделки проблем в вашем случае вроде как нет.
Глобально же в этой ситуации глаз юриста цепляется вот за какой момент
Цитата: Предполагалось, что Приложение подпишет генеральный директор. Однако по факту Приложение подписало доверенное лицо, на основании доверенности от 14.02.2018.
Цитата: Клиент не ставил рядом со своей подписью дату 14.02.2018, рядом с подписью стоит факсимильный оттиск "ФИО подписанта, доверенность №7 от 14.02.2018".
А в "шапке" договора у вас при этом кто указан в качестве лица, действующего от имени компании? Если Гендир, то получается у вас не просто неуполномоченное лицо подписало (т.к. непонятки с доверенностью), а вообще лицо, которое в договоре не было указано. Понятно, что с гражданско-правовой точки зрения дальнейшее одобрение сделки и этот вопрос снимает. Но вот у налоговиков такая "мешанина" может вызвать подозрения и претензии.
Так что, если есть возможность, может, лучше и переоформить договор...